漢武帝劉徹初通西域，車(音jū)師常替匈奴當耳目，并攻劫漢使。征和四年(前89)，漢遣開陵侯率樓蘭等國兵圍交河，車師始降。昭帝、宣帝時，匈奴與漢爭奪車師，連戰(zhàn)不息。漢遣侍郎鄭吉屯田渠犁，立軍宿為車師王，遷其一部分國人于渠犁。匈奴另立兜莫為王，率馀眾保博格達山北麓。自此車師分為前、后部(或稱前、后國)。后部王駐務涂谷(今新疆奇臺西南山谷中)。神爵二年(前60)，匈奴分據(jù)西域的日逐王降漢，從此西域完全屬漢朝統(tǒng)治，漢始置西域都護。元帝初元元年(前48)，又置戊己校尉，屯田于車師前部國都附近。其后，前部王復還交河。當時前部國有戶七百，人口六千余，勝兵一千八百余人;后部國有戶近六百，人口四千余，勝兵一千八百余人。

王莽時，由于西域都護和戊己校尉處理失當，車師前、后部王屢遭殺害，遂叛附匈奴。東漢光武帝建武二十一年(公元45)，前、后部與鄯善等十八國遣子入侍，請復置都護，漢光武帝劉秀不同意，遣還其侍子。后車師兼并鄰近小國，僅余東且彌、卑陸、蒲類、移支，與前、后部共稱車師六國。時前部有戶一千五百余，人口四千余，勝兵兩千人;后部戶四千余，人口一萬五千余，勝兵三千余人。明帝永平十七年(公元74)，漢遣竇固、耿秉等出擊車師，前、后部俱降。以耿恭、關(guān)寵為戊己校尉，分屯前、后部境。不久，北匈奴圍攻恭等。章帝建初元年(公元76)，漢遣兵擊敗匈奴，迎恭等還，復棄車師。和帝永元二年(公元90)，竇憲大破北匈奴，車師前、后部王各遣子入侍。八年，后部王涿鞮怨前部王尉卑大，擊破之。

九年，漢遣王林討斬涿鞮，立其弟農(nóng)奇。安帝初(107)，西域復附北匈奴。元初六年(119)，敦煌太守曹宗遣行長史索班屯駐伊吾，前部王降漢。永寧元年 (120)，后部王軍就引北匈奴攻殺班，擊走前部王。延光三年(124)﹐漢遣西域長史班勇?lián)糇弑毙倥谇安烤硟?nèi)。四年，勇進擊后部，斬軍就。順帝永建元年(126)，勇率農(nóng)奇子加特奴、八滑等大破北匈奴，遂立加特奴為后部王，八滑為后部親漢侯。勇屯田柳中(今新疆鄯善西南魯克沁)。后北匈奴呼衍王屢攻后部，至永和二年(137)，敦煌太守裴岑出伊吾攻殺呼衍王，后部遂安?；傅塾琅d元年 (153)，后部王阿羅多叛，其部眾不從，阿羅多逃奔北匈奴，漢立軍就子卑君。其后，阿羅多歸降，漢赦其罪，使復位為后部王;遷卑君于敦煌，以后部人三百帳屬之。帳者，如中原之戶數(shù)。

車師并非吐魯番盆地的原居民，其原住地本為瀕臨大沙海而居的今鄯善縣境，初譯姑師，漢宣帝時期與匈奴激烈爭奪西域，始出現(xiàn)了車師前后部的歷史分化，新朝至東漢前期演變?yōu)檐噹熀蟛繛槊酥鞯能噹熈柯?lián)盟，東漢再開西域，控制了車師前部，后部則隸屬北匈奴，自此分道揚鑣，分而不復合，自此，前、后二部各自走上不同的歷史歸宿。