武德元年(618年)，蕭銑遷都江陵，修復(fù)先祖園廟。任命岑文本為中書侍郎，主掌機(jī)密事務(wù)。派遣楊道生進(jìn)攻峽州，被峽州刺史許紹擊敗，戰(zhàn)士死傷大半。

武德三年(620年)，唐高祖李淵下詔夔州總管、趙郡王李孝恭征討蕭銑，奪取通、開(kāi)二州，斬其東平王阇提。當(dāng)時(shí)諸將擅兵橫暴，蕭銑怕以后無(wú)法控制，便揚(yáng)言休兵以便農(nóng)耕，以罷免將帥兵權(quán)。大司馬董景珍的弟弟為將軍，心懷不滿，謀圖作亂，因事泄被蕭銑所殺。董景珍當(dāng)時(shí)鎮(zhèn)守長(zhǎng)沙，蕭銑下書赦免他，并將他招還江陵。董景珍害怕，派遣使者前往李孝恭處，舉地歸降。蕭銑派遣張繡進(jìn)攻董景珍，董景珍說(shuō)：“‘前年醢彭越，往年殺韓信’，您沒(méi)聽(tīng)說(shuō)過(guò)嗎？何必互相攻討？”張繡不回答，進(jìn)兵圍城。董景珍潰圍而走，被其部下殺害。蕭銑提升張繡為尚書令。張繡居功自傲，蕭銑又殺了他。蕭銑性情外表寬仁而內(nèi)心疑忌，嫉妒勝己者，因此大臣舊將都懷疑懼怕，往往叛離，蕭銑不能禁制，所以日漸衰弱。

武德四年(621年)，唐高祖下詔李孝恭與李靖率領(lǐng)巴蜀兵順流而下，廬江王李瑗由襄陽(yáng)道，黔州刺史田世康出辰州道，合兵攻打蕭銑。蕭銑的將領(lǐng)周法明率四州歸降唐朝，唐高祖隨即下詔任命周法明為黃州總管，前往夏口道，進(jìn)攻安州，將其攻下。蕭銑的將領(lǐng)雷長(zhǎng)潁以魯山歸降唐朝。蕭銑便派部將文士弘抵御李孝恭，戰(zhàn)于清江口，李孝恭大敗其軍，繳獲戰(zhàn)艦千艘，攻取宜昌、當(dāng)陽(yáng)、枝江、松滋等縣，蕭銑的江州總管蓋彥舉城投降。李孝恭、李靖直逼其都城江陵。

起初，蕭銑放散兵卒，僅留宿衛(wèi)戰(zhàn)士數(shù)千人，等到倉(cāng)促召集兵馬時(shí)，江南、嶺南，路途遼遠(yuǎn)，未及赴援。李孝恭布列長(zhǎng)圍以守。數(shù)日之后，攻破水城，繳獲樓船數(shù)千艘。交州總管丘和、長(zhǎng)史高士廉、司馬杜之松前往李靖處投降。蕭銑自料救兵不會(huì)前來(lái)，對(duì)其屬下說(shuō)：“上天不保佑梁朝啊！如待力盡而降，必害百姓遭殃。如今趁城未攻下，先行出降，可免亂兵禍害。各位何愁沒(méi)有君主呢？”便巡城下令，守城士卒全都痛哭。蕭銑用太牢告祭于太廟，率領(lǐng)官屬身穿孝服前往軍門，認(rèn)罪說(shuō)：“應(yīng)死者僅蕭銑一人，百姓無(wú)罪，請(qǐng)不要?dú)⒙铀麄?！”李孝恭受降，護(hù)送他到京師。過(guò)后幾天，救兵趕到，眾達(dá)十余萬(wàn)人。得知蕭銑已降，便都投降唐朝。蕭銑送到京師。唐高祖斥責(zé)其罪，蕭銑回答說(shuō)：“隋失其鹿，英雄競(jìng)逐，蕭銑無(wú)天命護(hù)佑，故被陛下擒獲。正如田橫南面稱王，難道對(duì)不起漢朝嗎？”唐高祖因其言不屈而大怒，下詔斬于都市，時(shí)年三十九歲。