張居正在進(jìn)行政治、經(jīng)濟(jì)等方面的改革時，積極推行“外示羈縻，內(nèi)修戰(zhàn)備”的方針，重視整飭軍備，加強(qiáng)邊防。張居正曾目睹了嘉靖二十九年(1550年)俺答軍隊(duì)圍困北京時所暴露出來的國防虛弱，軍備廢弛的種種弊端。 有鑒于此，待他執(zhí)政后，“殫心盡力”，決心對邊防進(jìn)行一番整頓。

張居正一面精心選任駐邊將領(lǐng)，練兵備戰(zhàn)，修治邊防要塞，同時訓(xùn)令諸將在邊境屯積錢谷，整頓器械，開墾屯田，務(wù)必做到兵精糧足，戰(zhàn)守有備。

在選任邊將時，張居正所重用和信賴的一批守邊將領(lǐng)，并為保衛(wèi)邊防做出重大的貢獻(xiàn)。在薊州一帶，他任用戚繼光鎮(zhèn)守，練就守邊的精兵，修筑了沿邊防線的“空心敵臺”，還因地制宜地練習(xí)車戰(zhàn)戰(zhàn)術(shù)，保衛(wèi)了東起山海關(guān)、西至居庸關(guān)長城一帶沿線的邊防。歷史家稱贊戚繼光鎮(zhèn)守薊州十六年，“邊備修飭，薊門晏然”，戚繼光也深得人民的擁護(hù)和愛戴。李成梁鎮(zhèn)守遼東的紀(jì)功石坊萬歷十一年(1583年)，當(dāng)戚繼光移鎮(zhèn)廣東時，陳第賦詩送別，詩云：“誰把旌麾移嶺表，黃童白叟哭天邊。”反映了邊境人民對戚繼光保境安民功績的景仰和舍不得讓他離去的深情厚意。

在遼東，張居正重用李成梁。李成梁作戰(zhàn)能力高強(qiáng)，善于指揮御敵，威望甚高。在他鎮(zhèn)守遼東期間，曾多次平息東北少數(shù)民族的進(jìn)犯，保衛(wèi)了東北邊境的安寧。

特別值得一提的是在北部的宣府、大同防線，西至延綏、寧夏一帶，張居正重用王崇古，支持王崇古對俺答所部采取的安撫睦鄰政策，獲得了重大的成績，使蒙漢兩族人民和睦相處，通好互市，相安無事。

當(dāng)時朝廷有一部分官僚反對和俺答設(shè)市貿(mào)易，說這是媾和示弱。但是張居正力排眾議，堅(jiān)持正確的主張。他據(jù)理力爭，反駁說：“讓俺答入貢通好，開設(shè)邊境市場，使邊民互通有無;限立期限，指定地點(diǎn)，嚴(yán)加管束，這不但沒有壞處，反可使邊境安定，屯田耕牧，阻止塞外其他部落的侵?jǐn)_。這樣每年可以節(jié)省調(diào)援邊塞的大批糧食，有什么不好呢？”

由于張居正的大力支持，協(xié)同籌劃，使王崇古在邊塞得以順利執(zhí)行睦鄰政策，在大同、宣府附近設(shè)市貿(mào)易。當(dāng)時規(guī)定每年限期一月，蒙族人民可以用金銀、牛馬、皮毛和漢族人民交換綢緞、布匹、鐵鍋、鐵釜等物品。雙方各派軍隊(duì)駐守保護(hù)，從此邊境相安無事。對此，張居正在《九塞稱臣》一詩中躊躇滿志地寫道：“幕南秋色靜王庭，月滿邊關(guān)夜不扃。北地胡兒能漢語，西陲宛馬盡龍形。屯田督護(hù)休乘障，破虜將軍早勒銘。干羽兩階文德洽，九重端拱萬方寧?！?/p>

“月滿邊關(guān)夜不扃……九重端拱萬方寧”，并非張居正的無端夸飾。據(jù)《明史》記載：東起延永，西抵嘉峪關(guān)的邊境千里防線，“軍民樂業(yè)，不用兵革，歲省什七”，從而節(jié)省了龐大的軍費(fèi)開支。

張居正還在東南沿海地區(qū)分段設(shè)寨，修整兵船，嚴(yán)申海禁。在他當(dāng)政的萬歷初年，基本上肅清了多年以來一直困擾明廷的“南倭北虜”的邊患。