貞觀元年(627年)，長(zhǎng)孫無(wú)忌改任吏部尚書(shū)，并被定為功臣第一，進(jìn)封齊國(guó)公，食實(shí)封一千三百戶，他既是勛臣，又是國(guó)戚，深受太宗禮遇，能夠出入太宗臥室，同年七月，唐太宗又拜長(zhǎng)孫無(wú)忌為尚書(shū)右仆射，當(dāng)時(shí)，有人進(jìn)密表勸諫，認(rèn)為長(zhǎng)孫無(wú)忌權(quán)寵過(guò)盛。

唐太宗將密表出示給長(zhǎng)孫無(wú)忌，以表明君臣無(wú)猜，又召集群臣，表示對(duì)無(wú)忌的信任，但長(zhǎng)孫無(wú)忌擔(dān)心富貴至極會(huì)帶來(lái)災(zāi)禍，一再懇請(qǐng)辭去相位，長(zhǎng)孫皇后也為之極力勸說(shuō)，唐太宗無(wú)奈，只得改任長(zhǎng)孫無(wú)忌為開(kāi)府儀同三司。

貞觀七年(633年)，唐太宗冊(cè)拜長(zhǎng)孫無(wú)忌為司空，長(zhǎng)孫無(wú)忌上表推辭，被駁回后，又通過(guò)高士廉再次提出請(qǐng)求，認(rèn)為以外戚擔(dān)任三公，會(huì)招致“圣主私親”的非議。

唐太宗仍舊不許，表示授官是以才德為標(biāo)準(zhǔn)，長(zhǎng)孫無(wú)忌又親自上表辭讓?zhuān)铺谂鷱?fù)道：“我為秦王時(shí)，你就是我的得力心腹，在你的輔佐下，我才得以廓清宇內(nèi)，君臨天下，以你的功績(jī)、才干、聲望，完全能勝任三公之職，你就不要再推辭了?！彼匾庾珜?xiě)一篇《威鳳賦》，賞賜給長(zhǎng)孫無(wú)忌，追思自己創(chuàng)業(yè)之艱與無(wú)忌的佐命之功。

貞觀十一年(637年)，唐太宗封長(zhǎng)孫無(wú)忌、房玄齡等十四位功臣為世襲刺史，長(zhǎng)孫無(wú)忌被封為趙州刺史，改封趙國(guó)公。

他認(rèn)為實(shí)行分封有害無(wú)益，便上表反對(duì)，并道：“臣等披荊斬棘的侍奉陛下，如今四海一統(tǒng)，陛下卻讓我們世代治理外地州郡，這跟流放有何不同？”

唐太宗嘆道：“分封功臣，是要讓你們的后代世代捍衛(wèi)王室，你們卻把我這山河般莊重的誓言看得淡薄，反而心有怨言，我又怎能勉強(qiáng)諸位到封地去?！狈址庵乱虼俗髁T，貞觀十六年(642年)，長(zhǎng)孫無(wú)忌進(jìn)拜司徒。

貞觀十七年(643年)，唐太宗將二十四位功臣的畫(huà)像掛入凌煙閣，長(zhǎng)孫無(wú)忌則位列第一，同年四月，唐太宗命長(zhǎng)孫無(wú)忌與房玄齡、蕭瑀、李勣，會(huì)合大理寺、中書(shū)省、門(mén)下省，一同審訊太子李承乾謀反案，不久，唐太宗改立晉王李治為皇太子，任命長(zhǎng)孫無(wú)忌為太子太師。

貞觀十九年(645年)，唐太宗東征高句麗。長(zhǎng)孫無(wú)忌與岑文本、楊師道一同隨軍出征，并代理侍中之職，在圍攻安市城的戰(zhàn)役中，長(zhǎng)孫無(wú)忌率一萬(wàn)一千精兵埋伏在山北峽谷中。

作為奇兵沖擊敵后，并拆毀所有橋梁，斷絕高句麗援軍歸路，迫降敵軍主帥高延壽、高惠真。

貞觀二十年(646年)，長(zhǎng)孫無(wú)忌與太子太傅房玄齡、太子太保蕭瑀一同辭去三師官職。

貞觀二十一年(647年)，長(zhǎng)孫無(wú)忌又遙領(lǐng)揚(yáng)州都督;貞觀二十二年(648年)，中書(shū)令馬周病逝，唐太宗任命長(zhǎng)孫無(wú)忌為檢校中書(shū)令，并主持尚書(shū)省、門(mén)下省事務(wù)。