軍統(tǒng)前身是“軍事委員會密查組”(1927年)、復(fù)興社特務(wù)處(1932年4月)、軍事委員會調(diào)查統(tǒng)計局第二處(1937年)。主要負責(zé)人為戴笠。軍統(tǒng)局內(nèi)勤組織共有八處、六室、一所;外勤組織在各在城市設(shè)“區(qū)”，在各省設(shè)“站”，在一些重要城市“特別班”。其基本組織為“組”及直屬情報人員。

1946年戴笠乘坐飛機失事死后，軍統(tǒng)局進行改組，其公開特務(wù)武裝部分與軍委會軍令部二廳合并為國防部第二廳，由鄭介民任廳長;秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。1949年，軍統(tǒng)主要機構(gòu)撤至臺灣。中統(tǒng)是國民黨CC系陳果夫、陳立夫控制的全國性特務(wù)組織。即中國國民中央執(zhí)行委員會調(diào)查統(tǒng)計局的簡稱，它正式成立于1938年8月，其前身是1928年國民黨中央組織部調(diào)查科。中統(tǒng)局由國民黨中央黨部秘書長兼任局長，實際由副局長負責(zé)。陳立夫、朱家驊先后任局長、徐恩曾、葉秀峰先后任副局長。中統(tǒng)局在國民黨各省、市、縣黨部都有有分支機構(gòu)，以黨政機關(guān)、文化團體和大中學(xué)校為活動重點，特務(wù)活動遍及全國。

到了臺灣，中統(tǒng)沒有了，只有軍統(tǒng)，陳立夫到了美國，開辦養(yǎng)雞場，日子過得很苦。后來，軍統(tǒng)逐漸演變成了現(xiàn)在的臺灣的安全部門。1949年蔣家王朝覆滅，“中統(tǒng)”和“軍統(tǒng)”隨著國民黨大陸統(tǒng)治的解體也在大陸覆滅了。但“中統(tǒng)”和“軍統(tǒng)”不少高級官員及分支機構(gòu)的高級特工大都輾轉(zhuǎn)至臺灣，成為蔣介石在臺灣組建情治系統(tǒng)的中堅力量。蔣介石逃往臺灣后，為了維護其統(tǒng)治地位，實現(xiàn)其“光復(fù)大陸”的美夢，仍然繼續(xù)苦心經(jīng)營他的特務(wù)組織，發(fā)展情治系統(tǒng)。所謂情治，就是情報治安的簡稱。

在1949年9月至1950年12月二年多的時間里，臺灣當局先后成立了“統(tǒng)一、強化所有情報工作”的政治行動委員會、臺灣情報工作委員會，以分析、研究、綜合情報為主要任務(wù)的總統(tǒng)府資料室，以訓(xùn)練、派遣特務(wù)為主要任務(wù)的“革命行動委員會”，以專門搞武裝游擊騷擾活動為主要任務(wù)的“國防部”大陸工作處和黨務(wù)系統(tǒng)的國民黨改造委員會第六組等幾個特務(wù)機構(gòu)，并相繼調(diào) 整了保密局、內(nèi)調(diào)局和國防二廳三大特務(wù)系統(tǒng)的人事，蔣經(jīng)國出任“總統(tǒng)府”資料室主任。

1952年，蔣介石進一步改組臺灣的特務(wù)機構(gòu)，把“革命行動委員會”撤銷，在國民黨中央委員會下設(shè)第二組和第六組兩個特務(wù)機構(gòu)，負責(zé)以大陸為主要目標的“敵后建黨”和“心理作戰(zhàn)”等特務(wù)活動。隨后又設(shè)立了“國家最高國防會議”，蔣介石自任主席。1954年10月，蔣介石仿照美國在國家安全委員會下設(shè)中央情報局的模式，在“最高國防會議”之下，。以“總統(tǒng)府”資料室為基礎(chǔ)，成立了“國家安全局”，隨著“國家安全局”的設(shè)立，“國防部”保密局和內(nèi)調(diào)局等特務(wù)機構(gòu)也相應(yīng)地進行了調(diào)整：以保密局為基礎(chǔ)，將大陸處和內(nèi)調(diào)局所屬對大陸進行派遣活動的機構(gòu)改組為“國防部”情報局，成為專門對大陸進行特務(wù)活動的機構(gòu);以“內(nèi)政部”調(diào)查局為基礎(chǔ)，將保密局中負責(zé)“保防”的部門劃歸“司法部”領(lǐng)導(dǎo)，成立“法務(wù)部”調(diào)查局，專門對臺灣、澎湖、金門、馬祖等地進行特務(wù)活動。

1958年5月，蔣介石又將“國防部”二廳改組為“國防部特種軍事情報處”(簡稱“特情處”)，1961年5月，它又擴編為“國防部特種軍事情報室(簡稱“特情室”)、專司搜集軍事情報和勾聯(lián)策反活動。同時在“保密局”骨干的基礎(chǔ)上，組建負責(zé)島內(nèi)安全的警備總司令部和憲兵司令部。上述各情治機構(gòu)，形成了密布于臺灣各地的情治網(wǎng)，成為維護國民黨在臺灣的統(tǒng)治和鎮(zhèn)壓人民的工具。

此后，還陸續(xù)地進行過多次調(diào)整，如1972年5月，以國民中央委員會的第三組為主體和第六組的一部分合并為國民黨中委會海外工作委員會;1973年，又將中委會第二組全部和中六組的另一部分合并成為國民黨中委會大陸工作委員會。蔣經(jīng)國、李登輝主政臺灣時，也先后對臺灣的情治系統(tǒng)進行改組和強化。