朱棣的部隊(duì)進(jìn)入南京后，建文帝下落，卻又成了千古疑案，眾說(shuō)紛壇。主要有：

自焚說(shuō)。據(jù)永樂(lè)年間《實(shí)錄》和《明史稿》的記載，建文帝繼位后，即用兵部尚書(shū)齊泰和大常卿黃子澄謀，定策削藩。燕王“靖難”揮師渡過(guò)長(zhǎng)江，兵臨南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的主帥李景隆卻打開(kāi)金川門(mén)迎燕王大軍入城，滿(mǎn)朝文武紛紛投降。建文帝眼看大勢(shì)已去，不得已下令焚宮，頓時(shí)火光熊熊，建文帝攜皇后馬氏，跳入火中自焚，妃嬪侍從等，大都亦隨其蹈火而死。燕王朱棣入宮后，清宮三日，搜查建文帝下落。宮內(nèi)侍人都說(shuō)建文帝已自焚，并從火堆里扒出一具燒焦的尸體證明之。燕王見(jiàn)到尸體，分不清男女，慘不忍睹。其繼位稱(chēng)帝后，只得以天子“禮葬建文皇帝”?！睹魇贰こ勺姹炯o(jì)》及《明史·方孝儒傳》均持此說(shuō)。

削發(fā)為僧說(shuō)。清代名人呂安世和近人蔡?hào)|藩等則認(rèn)為燕軍破城后，建文帝無(wú)可奈何，遂想一死了之。此時(shí)少監(jiān)王鉞告訴他：你祖父臨死時(shí)，給你留下一個(gè)鐵箱子，讓我在你大難臨頭時(shí)交給你。我一直把它秘密收藏在奉先殿內(nèi)。群臣急忙把箱子抬來(lái)，打開(kāi)一看，里邊有三張度牒，就是做僧人的身份證，上面寫(xiě)好了建文帝等三個(gè)人的名字。還放著三件僧衣、一把剃頭刀、白金十錠、遺書(shū)一封，書(shū)中寫(xiě)明：“建文帝從鬼門(mén)出，其它人從水關(guān)御溝走，傍晚在神樂(lè)觀(guān)西房會(huì)集?！睋?jù)此，建文帝三人剃了頭，換上了僧衣，只帶了九個(gè)人來(lái)到鬼門(mén)。鬼門(mén)在太平門(mén)內(nèi)，是內(nèi)城一扇小矮門(mén)。

僅容一人出入，外通水道，建文帝彎著身子出了鬼門(mén)，其他八人隨之出了鬼門(mén)后，就看見(jiàn)水道上停放著一只小船，船上站著一位僧人，僧人招呼他們上船，并向建文帝叩首稱(chēng)萬(wàn)歲，建文帝問(wèn)他怎么知道我有難，僧人答道：“我叫王升，是神樂(lè)觀(guān)住持，昨夜夢(mèng)見(jiàn)你祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接你入觀(guān)為僧?！敝链耍ㄎ牡鬯葡靼l(fā)為僧，繼承了祖業(yè)。

此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》里記載：明成祖朱棣當(dāng)了皇帝后，對(duì)建文帝自焚而死，也產(chǎn)生過(guò)懷疑，也有人告訴他那具燒焦的尸體是馬皇后的，建文帝削發(fā)為僧外逃了。他就把建文帝的主錄僧溥洽抓了起來(lái)關(guān)進(jìn)監(jiān)獄長(zhǎng)達(dá)十余年，逼他供出建文帝下落。并派鄭和下西洋“欲尋蹤跡”，派戶(hù)科都給事中胡濙遍行郡、鄉(xiāng)、邑長(zhǎng)達(dá)16年，搜尋建文帝下落，一直到朱棣死前一年的一個(gè)晚上，他已睡下了，但聽(tīng)說(shuō)胡濙回來(lái)了，急忙穿上衣服，在臥室單獨(dú)召見(jiàn)。胡濙訪(fǎng)得建文帝離開(kāi)紫禁宮后，削發(fā)為僧，既沒(méi)有去神樂(lè)觀(guān)，也沒(méi)有去西南、東南周游避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江蘇吳縣普洛寺內(nèi)，此后一心為僧，無(wú)復(fù)國(guó)之意。近年徐作生也通過(guò)查閱大量文獻(xiàn)和實(shí)地考察后，指出：永樂(lè)二十一年(1423)，建文帝死于江蘇吳縣穹窿山，終年46歲，葬于皇駕庵后的小山坡上。

多數(shù)人認(rèn)為建文帝自焚身亡是歷史真實(shí)，因?yàn)楫?dāng)時(shí)燕軍兵臨城下，把紫禁宮團(tuán)團(tuán)圍住，建文帝想逃也來(lái)不及了，更何況經(jīng)考查也無(wú)鬼門(mén)、御溝逃路。建文帝也深知他的四叔是個(gè)貪?rùn)?quán)無(wú)厭、殘暴無(wú)情的武夫，落在他手里決無(wú)好下場(chǎng)，不如以死了之為上策。燕王朱棣也絕不會(huì)讓建文帝活下去，否則，他就不能當(dāng)皇帝。朱棣為了不留下“殺侄奪位”之臭名，故意苦心尋找建文帝下落，留下了歷史疑案，這可能是朱棣的用心之機(jī)。

最近，查閱朝鮮的《李朝實(shí)錄》，記載南京宮廷先是起火，然后建文帝自縊而死。而大量的野吏筆記記載，卻說(shuō)建文帝逃走了，有的認(rèn)為他逃到了海外，永樂(lè)帝耗資甚巨派鄭和多次下西洋，重要的目的是搜捕建文帝;有的認(rèn)為他逃到西南地區(qū)作了和尚，后又回到北京，正統(tǒng)年間還曾被迎入宮內(nèi)。當(dāng)時(shí)有人冒充建文帝，著僧裝，說(shuō)前朝故事，被官員拘審查出了冒偽情由?！睹魇贰分缓貌扇∧＠鈨煽傻恼f(shuō)法：“宮中火起，建文帝不知所終?！?/p>

但流傳在民間、記于野史的建文帝未死于靖難之中的說(shuō)法值得重視。

大約是明英宗正統(tǒng)年間，出家為僧的建文帝自云南回到北京，英宗知道后，將其迎入宮院，號(hào)曰“老佛”。在北京西山金山口北8里，黑龍?zhí)杜希环獠粯?shù)，有一丘一碑，碑上題“天下大師墓”，據(jù)說(shuō)這里埋葬的就是建文帝朱允汶。