張居正死后初期，萬歷帝尚能保持對(duì)朝政的興趣，但不久就開始怠政。他先采取非常手段，擺脫張居正、馮保和李太后的影響和控制，萬歷皇帝最重要的政績(jī)就是進(jìn)行了“三大征”，表現(xiàn)出一定的魄力和能力。但是，萬歷皇帝并沒有在此基礎(chǔ)上更進(jìn)一步，而是居功驕傲，怠于政事，從勵(lì)精圖治到消極怠政。

萬歷十四年九月，萬歷帝因病連日免朝，給內(nèi)閣的解釋是“頭暈眼黑，力乏不興”，服藥之后依然“身體虛弱，頭暈未止”，不但無法上朝，祭祀太廟也無法親自前往。萬歷十四年后，萬歷帝就開始連續(xù)不上朝。李太后年紀(jì)漸大，對(duì)明神宗也實(shí)在無力再管束。

自萬歷十六年后，常朝也經(jīng)?？床坏饺f歷帝。萬歷帝整日在深宮中不理政事，沉浸在花天酒地之中。每年還進(jìn)行選美。神宗還好營(yíng)建，經(jīng)常大興土木。在他二十一歲時(shí)就開始籌建陵園。

萬歷十七年元旦后，萬歷帝以日食為由免去元旦朝賀。此后每年的元旦萬歷帝再也不視朝。同年十二月二十一日，大理寺左評(píng)事雒于仁上疏，稱神宗沉湎于酒、色、財(cái)、氣。閣臣王家屏次日再上一本，自請(qǐng)罷官。

萬歷帝還派礦監(jiān)和稅監(jiān)搜刮民間財(cái)產(chǎn)，導(dǎo)致多處民變發(fā)生。由于萬歷帝不理朝政，缺官現(xiàn)象非常嚴(yán)重。萬歷三十年(1602年)，南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名;各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。萬歷帝委頓于上，百官黨爭(zhēng)于下，政府完全陷入空轉(zhuǎn)之中。官僚隊(duì)伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事布局而已。因此明史言：“論者謂：明之亡，實(shí)亡于神宗?！?/p>

最后萬歷帝竟三十年不上朝，只在萬歷四十三年(1615年)勉強(qiáng)到金鑾殿上，許多朝臣都沒見過皇帝一面，導(dǎo)致國(guó)力衰退。

萬歷帝在位期間另外兩項(xiàng)嚴(yán)重?cái)某V的事件是東林黨爭(zhēng)和國(guó)本之爭(zhēng)。東林黨源于顧憲成組辦的東林書院。東林黨一詞則起源于萬歷三十八年的一次人事變動(dòng)事件。起因是內(nèi)閣缺人，顧憲成極力主張頗有政績(jī)的淮揚(yáng)巡撫李三才入閣，結(jié)果被反對(duì)李三才入閣的勢(shì)力摸黑漫罵，東林黨因此而起。東林黨興起后，朝中其它各黨便集中火力攻擊東林黨。閹黨專權(quán)后，東林黨更受到嚴(yán)重打擊。直到崇禎初年東林黨才重新被啟用。

另外一項(xiàng)政爭(zhēng)是國(guó)本之爭(zhēng)。主要是圍繞著皇長(zhǎng)子朱常洛與鄭貴妃所生的福王朱常洵。萬歷帝遲遲不立太子，令群臣憂心如焚。朝中上下也因此分成兩個(gè)派別。直到萬歷二十九年，朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發(fā)生，輿論對(duì)鄭貴妃不利后，福王才離京就藩。

不過萬歷朝的亮點(diǎn)則是包括援助朝鮮王朝抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏哱拜之亂、平定貴州楊應(yīng)龍之亂的的萬歷三大征都取得了勝利。萬歷四十六年(1618年)，后金努爾哈赤以“七大恨”告天，誓討明朝。次年在薩爾滸之戰(zhàn)中大敗明軍，明朝對(duì)女真從此轉(zhuǎn)為戰(zhàn)略防御。