崇禎十七年(1644年)三月，李自成攻克北京，四月二十一日，李自成親自統(tǒng)率農(nóng)民軍主力十萬(wàn)人(另一種說(shuō)法是六萬(wàn)人)在一片石一役中被吳三桂與清軍合兵擊敗，四月二十九日，李自成匆忙在北京稱帝后于次日率部向西安撤退，隨著清軍的步步緊逼和大順軍的節(jié)節(jié)敗退，李自成先后棄西安、太原，之后又在湖北陽(yáng)新、江西九江接連被清軍大敗，最后在敗退到湖北通城九宮山時(shí)被當(dāng)?shù)孛褴姎⑺馈?/p>

李自成死后不久，其大將劉宗敏又在與清軍作戰(zhàn)時(shí)被俘并處死，一時(shí)間，大順軍陷入了群龍無(wú)首的境地，而南下的清軍又在此時(shí)不失時(shí)機(jī)的對(duì)農(nóng)民軍開(kāi)始了分化瓦解，以期在最短的時(shí)間內(nèi)鏟除這股反叛勢(shì)力，讓我們一起看看這些大順軍余部的最后結(jié)局。

李自成死后，原本駐守陜北和寧夏地區(qū)的西路農(nóng)民軍也開(kāi)始南撤，他們也相繼進(jìn)入了兩湖地區(qū)，清廷不失時(shí)機(jī)的對(duì)這股十多萬(wàn)的農(nóng)民軍開(kāi)始了拉攏利誘，但這支軍隊(duì)的將領(lǐng)李過(guò)和高一功并沒(méi)有被清廷收賣，他們南下聯(lián)合南明何騰蛟、堵胤錫、瞿式耜等聯(lián)合抗清，號(hào)“忠貞營(yíng)”，南明隆武帝賜李過(guò)名赤心，封為興國(guó)侯，守荊州，在率部轉(zhuǎn)戰(zhàn)湘、桂數(shù)年后，李過(guò)因軍中疫病流行而病死，高一功之后率領(lǐng)余部一直堅(jiān)持抗清到永歷三年(1649年)，忠貞營(yíng)由慶遠(yuǎn)(今廣西宜山)往貴州轉(zhuǎn)移之時(shí)，高一功途中遭孫可望部襲擊而陣亡，忠貞營(yíng)也隨之瓦解。

原本追隨李自成的東路農(nóng)民軍二十多萬(wàn)人在李自成死后，稱李自成為先帝，其妻高氏為太后，推舉李自成三弟李自敬(后在轉(zhuǎn)戰(zhàn)中不知所蹤)為首領(lǐng)，但當(dāng)時(shí)農(nóng)民軍中的田見(jiàn)秀、郝?lián)u旗、王進(jìn)才、張鼎、李來(lái)亨等人各有自己的勢(shì)力(每人都有兩三萬(wàn)的部眾)，這些將領(lǐng)們實(shí)際上誰(shuí)也不服誰(shuí)。

敗退湖北后，這些農(nóng)民軍也南下聯(lián)合南明共同抗清，并接受南明的官職，但隨著清軍的不斷取勝，南明政權(quán)所控制的地域也越來(lái)越小，在四處轉(zhuǎn)戰(zhàn)中農(nóng)民軍的兵力也大量消耗，之后田見(jiàn)秀降清后被殺，郝?lián)u旗在永歷十七年(1663年)進(jìn)攻四川巫山時(shí)被俘殺。王進(jìn)才所部初留屯湘陰，之后被清軍擊敗并轉(zhuǎn)掠沅州、貴州之間，在貴州被孫可望杖殺。

李自敬失蹤后大順軍余部在李過(guò)的義子李來(lái)亨的率領(lǐng)下堅(jiān)持抗清，李來(lái)亨召集所部數(shù)萬(wàn)人，經(jīng)過(guò)多次血戰(zhàn)，率領(lǐng)部眾自貴州進(jìn)入川、鄂邊境，同先期到達(dá)的郝?lián)u旗等部會(huì)師，并聯(lián)合當(dāng)?shù)仄渌辞逦溲b，組成了夔東十三家聯(lián)軍。最后湖北省興山縣的茅麓山上的密林深處，建立起抗清根據(jù)地。永歷十七年(1663年)郝?lián)u旗在進(jìn)攻四川巫山時(shí)被清軍俘殺，1664年(康熙三年)清廷集中川、楚、秦三省清軍和滿洲八旗十萬(wàn)大軍在靖西將軍穆里瑪?shù)闹笓]下，圍攻茅麓山。8月4日，寨內(nèi)彈盡糧絕，李來(lái)亨與妻、子等家人撲向熊熊烈火，全家自殺而死。至此，以原大順軍余部為主體的夔東抗清斗爭(zhēng)在堅(jiān)持了二十年之久后，以失敗告終。