明太祖朱元璋死后，燕王朱棣于建文元年(1399年)以“清君側(cè)之惡”的名義舉兵反抗朝廷，至建文四年朱棣由燕王榮登皇位而結(jié)束，歷時(shí)4年。就在朱棣攻入南京時(shí)，皇宮已是一片大火，建文帝下落不明。此后，有關(guān)惠帝已經(jīng)出逃的傳聞頗多，明成祖對此總是不放心，這件事也幾乎成為他的一塊心病。數(shù)百年來，建文帝的下落也是一樁爭訟不決的歷史懸案。綜合各家說法，主要有“焚死”說和“逃亡”說兩種。

一種說法認(rèn)為建文帝是自焚而死的。

據(jù)永樂年間修撰的《明太祖實(shí)錄》中記載，燕王朱棣發(fā)動“靖難之役”，經(jīng)過四年的征戰(zhàn)，燕王獲得全勝，建文四年(公元1402年)6月13日，燕王統(tǒng)領(lǐng)大軍開進(jìn)南京金川門。當(dāng)燕王軍隊(duì)進(jìn)入皇宮時(shí)，宮中已是一片火海，建文帝也沒了蹤影。與此同時(shí)，建文帝所使用的寶璽也毫無蹤影。

正史記載建文帝死于宮中的大火中?！短趯?shí)錄》卷九記載：“上(即明成祖朱棣)望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，還白上，上哭曰：‘果然，若是癡耶！吾來為扶翼不為善，不意不諒而遽至此乎！’……壬申，備禮葬建文君，遣官致祭，輟朝三日?！?/p>

仁宗朱高熾御制長陵后碑也說，建文帝歿后，成祖?zhèn)湟蕴熳佣Y儀殮葬。成祖后來在給朝鮮國王的詔書中說：沒想到建文帝在奸臣的威逼下縱火自殺。但是，太監(jiān)在火后余燼中多次查找，只找到馬皇后與太子朱文奎的遺骸，建文帝是活是亡無從得知。燕王為讓天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墳?zāi)乖谑裁吹胤?，無人可知。

明末崇禎帝就曾說過：想給建文帝上墳，卻不知在何處。另一種說法是在南京攻破之時(shí)，建文帝曾想自殺，但在其親信說服下，削發(fā)為僧，從地道逃出了皇宮，隱姓埋名，浪跡江湖。明成祖死后，他又回到京城，死后葬于京郊西山。

朱棣登位后，感到生死未卜的建文帝對他有一種無形的壓力，因此多次派心腹大臣到處訪問。永樂年間鄭和下西洋的陪同官員中，有不少錦衣衛(wèi)士，這顯然就是用于暗中察訪建文帝的。明成祖曾向天下寺院頒布《僧道度牒疏》，將所有僧人名冊重新整理，對僧人進(jìn)行了一次全方位的調(diào)查。從永樂五年(公元1407年)起，還派人以尋訪仙人張邋遢為名到處查找，涉及大江南北，前后共20余年。

民間傳言中，在許多地方都有建文帝的蹤跡與傳說。有的說建文帝先逃到云貴地區(qū)，后來又輾轉(zhuǎn)到了南洋一帶，直到現(xiàn)在，云南大理仍有人以惠帝(建文帝)為鼻祖。

也有現(xiàn)代學(xué)者認(rèn)為，當(dāng)年建文帝潛逃后，曾藏于江蘇吳縣黿山普濟(jì)寺內(nèi)，接著隱匿于穹窿山皇駕庵，于永樂二十一年(公元1423年)在此病亡，埋于庵后小山坡上。至于建文帝的下落到底如何，以上兩種說法都無法給出令人滿意的答案。