成化時(shí)期，許多佞幸小人混入朝中，李孜省以方術(shù)、房中術(shù)進(jìn)獻(xiàn)皇帝得到寵幸，然后與太監(jiān)梁芳狼狽為奸禍亂朝政，打擊忠臣，扶植朋黨。明孝宗即位之后立即逮捕了兩人，使文武百官皆感高興。接著，明孝宗開始整頓吏制，將成化朝通過賄賂，溜須拍馬發(fā)跡的官員一律撤換，改革首先從內(nèi)閣開始，罷免了以外戚萬安為首的“紙糊三閣老”。萬安遇事除了喊“萬歲”，沒有半點(diǎn)主張，明孝宗罷免他不久后，和萬安一起混日子的尹直也黯然離職回鄉(xiāng)，只留下了劉吉。明孝宗看的出來劉吉除了混事，也會(huì)干事，接替內(nèi)閣首輔的劉吉，在弘治年間一反常態(tài)，不但時(shí)常建言國事，更是對(duì)工作極其負(fù)責(zé)出力。特別是西北的哈密戰(zhàn)事，正是在他的統(tǒng)籌下得以圓滿解決的。

明孝宗還罷免了大批的“傳奉官”，明憲宗時(shí)期的得寵的諸多僧道門，也都被趕走，少數(shù)罪大惡極的，依法懲治。比如成化年間的和尚繼曉，由于仗著明憲宗的寵信，作惡多端，于弘治元年被斬首示眾。斥佞用賢的弘治初政，給成化后期混亂的朝廷打了一針興奮劑，使明朝有了中興的希望。后來又去掉佞臣李廣。明孝宗對(duì)于文臣極其禮敬，也別是對(duì)待王恕等老臣以及謝遷、劉健、李東陽幾位閣臣，更是體貼備至。

在清洗了諸多混日子的大臣同時(shí)，明孝宗大量起用正直賢能之士。象王恕、懷恩、馬文升等在成化朝由于直言被貶的官吏;徐溥、劉健、謝遷、李東陽等賢臣。為于謙建旌功祠，使得無論是朝中還是宮中都為之一新，時(shí)稱朝序清寧。[明孝宗登基后馬上召回了王恕，王恕上任后沒有辜負(fù)明孝宗的期望，在他的主持下開展了官場(chǎng)考察，考察的標(biāo)準(zhǔn)也極其嚴(yán)格：不但經(jīng)濟(jì)有問題的要被追查，就連身體不健康不能勝任工作的，也要一概被罷免。僅弘治元年(1488年)從中央到地方經(jīng)過吏部考察被罷免的官員就多達(dá)一百多人。和王恕一樣，馬文升在部隊(duì)里面也開展了整頓。除了罷免大批不合格的武館外，還清理屯田，整頓地方武備，明軍的戰(zhàn)斗力，一度煥然振作。

正是在王恕和馬文升的強(qiáng)力行動(dòng)下，基層的一批慵懶官員被清除，諸多的才俊良臣得以提拔。

鑒于前朝宦官專權(quán)亂政的教訓(xùn)，明孝宗對(duì)宦官嚴(yán)加管束，東廠、錦衣衛(wèi)再不敢任意行事，只能奉守本職，因而幾任錦衣衛(wèi)指揮大致都能持法公允，用刑寬松。這是明中后期其他朝代所罕見的現(xiàn)象。對(duì)于宦官的限制，執(zhí)之最厲者并不止劉大夏。謝遷亦曾言內(nèi)府宦官索賄之事，明孝宗令撰旨禁約時(shí)，謝遷道：“虛言設(shè)禁，無益也。須令曹司搜剔弊端，明白開奏，而后嚴(yán)立條禁，有犯必誅，庶民困可蘇?！庇纱酥T內(nèi)府宿弊，多有革除。故嫉之者少。劉大夏雖非閣臣，明孝宗對(duì)他的倚靠則不僅限于兵部，至有密帖之諭。

在弘治中興時(shí)期，還留下了一系列忠臣，直臣。例如李東陽，謝遷等等。對(duì)于明武宗時(shí)期劉瑾亂政在前期起到了一定的遏制作用。明孝宗勤于政事，同時(shí)，他又重開了經(jīng)筵侍講，向群臣咨詢治國之道。他還開辟了文華殿議政，利用早朝與午朝之余的時(shí)間，與內(nèi)閣共同切磋、商議政事。