康熙帝統(tǒng)一臺(tái)灣之后，沒(méi)有像漢武帝打匈奴、唐太宗戰(zhàn)突厥那樣，戰(zhàn)勝即走，得而復(fù)失?？滴醯蹖?duì)鄭克塽等以往之罪，盡行赦免，并從優(yōu)敘錄，加恩安插，封鄭克塽為公、馮錫范為伯、劉國(guó)軒為天津總兵官，俱隸上三旗。他采取若干重大措施，特別是加以制度化。

第一，設(shè)府置縣。臺(tái)灣統(tǒng)一之后，如何進(jìn)行管理，棄留兩議，廷爭(zhēng)未決?？滴醯垡苍谡髑笠恍┐蟪嫉囊庖?jiàn)：

康熙帝問(wèn)：“然則棄之乎？”

李光地答：“應(yīng)棄！”

康熙帝問(wèn)：“如何棄法？”

李光地答：“空其地，任夷人居之，而納款通貢，即為賀蘭（荷蘭）所有，亦聽(tīng)之。”（李光地《榕村續(xù)語(yǔ)錄》卷一一）

李光地等人為“得其地不足以耕，得其人不足以臣”，而主張“遷其人，棄其地”，就是將島上兵民遷到內(nèi)地，而將島上土地給荷蘭人。靖海將軍施瑯認(rèn)為不可棄地、不能遷民。他認(rèn)為：“慮事計(jì)其久遠(yuǎn)，防患在圖于未然?！保ā肚迨妨袀鳌肪砭拧妒┈槨罚┧稀豆ш惻_(tái)灣棄留疏》說(shuō)：

臺(tái)灣地方，北連吳會(huì)，南接粵嶠，延袤數(shù)千里，山川峻峭，港道紆回，乃江、浙、閩、粵四省之左護(hù)；隔離澎湖一大洋，水道三更余遙……棄留之際，利害攸關(guān)。臣思棄之必釀成大禍，留之誠(chéng)永固邊圉。（施瑯《靖海紀(jì)事》下卷）

經(jīng)過(guò)在福建官員會(huì)議、朝廷會(huì)議討論，康熙帝從施瑯議，命在臺(tái)灣設(shè)一府三縣——臺(tái)灣府，臺(tái)灣（今臺(tái)南）、鳳山（今高雄）、諸羅（今謝遂《職貢圖》之“諸羅縣內(nèi)山阿里等社歸化生番”嘉義）縣。臺(tái)灣府隸屬福建省。爾后，光緒十一年（1885年）九月，清朝“改福建巡撫為臺(tái)灣巡撫”，正式建立臺(tái)灣行省，劉銘傳為第一任臺(tái)灣巡撫。

第二，駐扎軍隊(duì)。設(shè)總兵官1員、副將1員、參將2員，率兵八千，駐防臺(tái)灣；設(shè)澎湖副將1員、兵兩千，鎮(zhèn)守其地。

第三，開(kāi)放海禁。清初海上反清活動(dòng)很多，曾下禁海令：寸板不許下海；又下遷界令：東南近海居民內(nèi)遷50里，房屋棄毀。統(tǒng)一臺(tái)灣后，康熙帝又從施瑯建議，開(kāi)海禁，通貿(mào)易。海禁一度開(kāi)放。

第四，建設(shè)臺(tái)灣?？滴鯐r(shí)開(kāi)始在臺(tái)灣府建府學(xué)，在臺(tái)灣、鳳山、諸羅三縣分建縣學(xué)，在番民中建社學(xué)，鑄康熙錢(qián)?？滴醭胄蕖犊滴跖_(tái)灣府志》、《康熙臺(tái)灣縣志》、《康熙鳳山縣志》和《康熙諸羅縣志》。臺(tái)灣人始參加福建鄉(xiāng)試。泉州人陳賴(lài)章與番民簽約，開(kāi)始在臺(tái)北墾荒種田?？滴跛氖哪辏?705年）冬，臺(tái)灣鬧饑荒，康熙帝命蠲免臺(tái)灣、鳳山、諸羅3縣糧米?？滴醯圻€將宮苑內(nèi)的西瓜籽賜到臺(tái)灣種植。在康熙朝臺(tái)灣重歸版圖的近40年間，臺(tái)灣的經(jīng)濟(jì)、貿(mào)易、社會(huì)、文化、教育，都得到很大的發(fā)展。

康熙大帝統(tǒng)一臺(tái)灣，做得干凈、利索、漂亮、成功。康熙帝統(tǒng)一臺(tái)灣的歷史經(jīng)驗(yàn)：一是時(shí)機(jī)抓得好，二是主帥用得好，三是善后制度好。康熙帝統(tǒng)一臺(tái)灣表明，他已經(jīng)是一位成熟的政治家。

附錄一：關(guān)于鄭成功收復(fù)臺(tái)灣的時(shí)間

《辭?！贰班嵆晒Α睏l說(shuō)：“康熙元年（1662年）二月一日，荷蘭總督揆一投降，臺(tái)灣重回祖國(guó)懷抱?！边@種說(shuō)法有欠缺：其一，二月一日應(yīng)是陽(yáng)歷，而不是陰歷；其二，1662年2月1日，實(shí)際上是順治十八年十二月十三日?？滴踉暾鲁跻蝗諔?yīng)是公元1662年2月18日。事情雖發(fā)生在公元1662年2月1日，卻是順治十八年十二月十三日，本月末為二十九日，這時(shí)距康熙元年元旦還有16天。因此，從帝王紀(jì)年方面，說(shuō)鄭成功收復(fù)臺(tái)灣在順治十八年（1661年）可以，說(shuō)鄭成功收復(fù)臺(tái)灣在康熙元年（1662年）不可以；從公元紀(jì)年方面，說(shuō)鄭成功收復(fù)臺(tái)灣在1662年可以，說(shuō)鄭成功收復(fù)臺(tái)灣在1661年不可以。

附錄二：關(guān)于“破肚將軍”的記載

康熙間，澎湖之戰(zhàn)，漳浦藍(lán)軍門(mén)實(shí)為前茅。賊艦蔽江，迎敵，炮中過(guò)腹，腸出矣，血淋漓。公族子法為掬而納諸腹中，四弟瑗傅以衣，五弟珠持匹練連腹背交裹之。公大呼殺賊，不暇顧也。有紅毛醫(yī)能治之，卒無(wú)恙。臺(tái)灣平后，公入都，抵趙北口，遇圣駕出水圍，馬凝立不及避，乃舍騎，步入粱園中。駕至，遣侍衛(wèi)問(wèn)誰(shuí)騎。公乃出曰：“臣藍(lán)理從福建來(lái)者?！鄙蠁?wèn)：“是征澎湖時(shí)拖腸血戰(zhàn)之藍(lán)理邪？”公奏曰：“是。”召至前，問(wèn)血戰(zhàn)狀，解衣視之，為撫摩傷處，嗟嘆良久。嗣專(zhuān)閫吾浙，每遇南巡，迎謁圣駕，見(jiàn)公輒語(yǔ)諸王公以拖腸血戰(zhàn)狀。又引見(jiàn)皇太后曰：“此破肚將軍也！”（陳康祺《郎潛紀(jì)聞三筆》卷四）