1936年12月，張學(xué)良，楊虎城兩位將領(lǐng)在12月12日的凌晨對蔣介石發(fā)動了兵諫。蔣介石被捕，國內(nèi)黨內(nèi)部群龍無首，南京亂作一團，究竟應(yīng)該采取怎樣的應(yīng)對措施，成為南京政府的當(dāng)務(wù)之急。當(dāng)時何應(yīng)欽的職務(wù)是國民政府軍政部長，掌管全國陸軍行政事務(wù)，由于兵權(quán)在握，何應(yīng)欽的位置顯得至關(guān)重要。

何應(yīng)欽得到消息以后，馬上把考試院院長戴季陶、吳稚暉，還有熊斌找到家里，研究形勢商討對策，還以情況不明封鎖了所有的消息，所以很多國民黨的高官不知道究竟西安發(fā)生了什么。在何應(yīng)欽家中召開的這次碰頭會上，面對張楊扣押蔣介石的“叛逆”行為，何應(yīng)欽主張一定要以討伐的方式來營救蔣介石，以此維護(hù)國民黨的紀(jì)律和威嚴(yán)，何應(yīng)欽的意見后來得到了一些黃埔系中的少壯派的大力支持。主戰(zhàn)派與主和派代表雙方唇槍舌劍爭論不休，參會代表們決定速到國民黨中央黨部召開正式會議。會議從12日的深夜12時一直開到了13日的凌晨3時，最后由于何應(yīng)欽等人掌握了會議的主導(dǎo)權(quán)，初步?jīng)Q定：“張學(xué)良撤職查辦，軍隊歸何應(yīng)欽調(diào)遣。”就在何應(yīng)欽儼然成為南京政府軸心的時刻，一個人的到來讓局勢開始發(fā)生變化。

13日清晨7時，蔣夫人宋美齡在姐夫孔祥熙的陪同下從上海飛抵南京，與何應(yīng)欽“討伐”西安的主張對立，宋美齡的態(tài)度是主張和平談判。由于早年的留日經(jīng)歷，加上何應(yīng)欽與日本方面一直往來密切，如果西安事變以“容納抗日力量”作為條件得以和平解決，那么他的地位必將受到打擊。因此，從這一角度來看，他反對宋美齡“和平談判”的主張也有著復(fù)雜的考慮。在雙方辯論的同時，何應(yīng)欽在部分國民黨元老及黃埔系少壯派的支持下，力主明令討伐西安，并出任“討逆軍”總司令，迅速組織大規(guī)模的陸軍沿隴海線一路向西進(jìn)發(fā)。而困在西安的蔣介石，對這一切并不知情。由于日本方面對聯(lián)合抗日政策的恐慌，在蔣介石被困，日本十分緊張的時刻，何應(yīng)欽十分清楚，必須要考慮設(shè)法穩(wěn)住日本。于是何應(yīng)欽“令空軍只轟炸渭南、富平、三原和赤水車站，進(jìn)抵西安示威即可”。這樣一來既可以穩(wěn)住日本，又可以對西安方面施壓，等待營救蔣介石的最佳時機。然而，就在何應(yīng)欽忙于調(diào)兵遣將的時候，一封蔣介石的手諭卻打亂了他的部署，在這封電報中，蔣介石寫道”敬之吾兄，聞空軍昨日在渭南轟炸，望即停止……”

12月22日，宋美齡，宋子文和戴笠一行于飛抵西安，第二天國共雙方的談判正式開始，經(jīng)過兩天談判，西安事變在雙方努力下終于得到圓滿解決。蔣介石順利登上了返回南京的飛機，張學(xué)良隨機陪送。1936年12月26日中午12時，何應(yīng)欽與國民黨中央各要員傾巢出動，到機場歡迎蔣介石的歸來。早在1927年，國民黨實現(xiàn)寧漢合流，蔣介石第一次宣布下野前，假意召開了一個意見征求會，會上何應(yīng)欽沒有和他站在同一戰(zhàn)線上，這件事給蔣介石留下了深刻的印象，事后蔣介石也曾抱怨：當(dāng)時只要何應(yīng)欽一句話，我是可以不走的。到后來，蔣介石復(fù)職，文官武將們紛紛發(fā)來擁戴電，唯獨何應(yīng)欽第一軍的擁戴電遲遲未到，作為蔣介石的嫡系軍隊，何應(yīng)欽的反應(yīng)如此之慢，讓蔣介石大為光火，甚至說出：沒有我蔣中正就沒有你何應(yīng)欽”這樣措辭嚴(yán)厲的話來。聽聞蔣介石發(fā)火之后，何應(yīng)欽才趕緊補發(fā)了擁戴電。在建立黃埔黨軍之時，在校長的職位下面，總教官的職務(wù)非常重要。在人選上，蔣介石深思熟慮，認(rèn)為何應(yīng)欽能當(dāng)此重任。當(dāng)時黃埔軍校內(nèi)部甚至流傳著“蔣何并重”一詞，形容的就是何應(yīng)欽當(dāng)時的重要地位。

蔣介石與何應(yīng)欽早年在日本留學(xué)的時候開始相識，兩人是相差一屆的同學(xué)，回國參加革命之后，一起在陳其美手下工作。到后來創(chuàng)建黃埔軍校時候，兩個人的關(guān)系從同學(xué)，同志，變成了此時的“安危同仗，甘苦共嘗”的戰(zhàn)友，尤其是經(jīng)過戰(zhàn)爭考驗的情誼，讓兩人的關(guān)系變得更加緊密。在棉湖之戰(zhàn)中，蔣介石的指揮所被陳炯明的軍隊包圍，何應(yīng)欽是親自率領(lǐng)他的警衛(wèi)部隊直接殺入了敵陣?yán)镞叄詈笤陉P(guān)鍵的時候轉(zhuǎn)危為安，既救了蔣介石也救了他自己。之后何應(yīng)欽跟著蔣介石，在他奪取黨政軍大權(quán)這個過程當(dāng)中，都做了蔣介石的堅強的軍事后盾，何蔣的關(guān)系就是這樣建立起來的。

當(dāng)日本宣布接受《波茨坦公告》的勝利消息傳到南寧，正在前線指揮所準(zhǔn)備反攻廣州的何應(yīng)欽，興奮的手足無措。很快，何應(yīng)欽接到蔣介石的密電，蔣介石命令他迅速制訂在中國戰(zhàn)區(qū)受降的方案。于是何應(yīng)欽馬不停蹄飛往各戰(zhàn)區(qū)緊急部署搶奪抗戰(zhàn)勝利果實，并準(zhǔn)備著手制定壟斷受降的一整套方案。1945年9月9日，南京中央軍校大禮堂，中國戰(zhàn)區(qū)受降簽字的儀式在這里正式舉行。何應(yīng)欽自“九·一八”事變以后，一直被認(rèn)為是國民黨內(nèi)妥協(xié)親日派或積極反共的代表人物，而蔣介石卻偏偏選中了他主持受降大典，在很多人看來，這一次何應(yīng)欽出盡了風(fēng)頭。

自1931年東北爆發(fā)“九·一八”事變以來，何應(yīng)欽秉承蔣介石“攘外必先安內(nèi)”的方針，在華北與日軍進(jìn)行了一系列的妥協(xié)交涉，飽受國人指責(zé)，替蔣介石背了“親日”、“叛國”的黑鍋。這次蔣介石讓何應(yīng)欽主持受降，也算是對何應(yīng)欽的一種政治補償。在蔣介石心中，沒有人比何應(yīng)欽更懂得自己對日本“以德報怨”政策背后，企圖拉攏日本的真實意圖。由于何應(yīng)欽的事先安排，在進(jìn)入受降大典之前，岡村寧次私自將代表繳械投降的指揮刀交由參謀帶給何應(yīng)欽，讓受降典禮上沒有了遞交指揮刀這一項議程，不僅如此，在當(dāng)天的受降典禮上，當(dāng)日本的中國戰(zhàn)區(qū)參謀長小林淺三郎呈遞投降書時，因手離身體較近，何應(yīng)欽不得不屈身向前，在這張官方照片里，中方看起來比日方來得恭敬，一時間引起民眾的軒然大波。

受降大典之后，何應(yīng)欽受蔣介石之命，負(fù)責(zé)起日本戰(zhàn)犯的處理工作，然而他卻公然采取“寬大”政策。他下令調(diào)配當(dāng)時中國船舶運力的百分之八十，增配火車，不惜停止國內(nèi)民用運輸，在短短十個月內(nèi)“奇跡”般的完成了侵華日軍和日本殘余侵華人員的全部遣返工作。這種處理戰(zhàn)犯的做法，也都是蔣介石的意思。抗戰(zhàn)勝利之后，步步緊隨蔣介石的何應(yīng)欽，已經(jīng)成為國民黨軍黃埔嫡系的二號人物，位列陸軍一級上將，在政治生涯中也得到了蔣介石給予的種種榮光。然而，盡管何應(yīng)欽與蔣介石小心相處，兩人之間的矛盾還是不可避免。

1946年6月，國民政府軍事委員會被撤消，另外成立國防部，二級上將陳誠被任命為國防部參謀總長，原本掌握軍隊實際管理的何應(yīng)欽不得不接受新的工作崗位，受命調(diào)往美國，任聯(lián)合國安理會軍事參謀團團長。1949年1月，國民黨的敗局已定，蔣介石決定第三次下野，李宗仁如愿成為代總統(tǒng)。然而，蔣介石在溪口暗自架設(shè)電臺，對國民黨實行遠(yuǎn)程的遙控。國民黨內(nèi)部軍政大員仍對蔣介石唯命是從。萬般無奈下的李宗仁想到了曾在蔣介石第一次下野時，與自己合作過的何應(yīng)欽，或許他能夠幫自己扭轉(zhuǎn)局面，于是李宗仁親派飛機去上海接何應(yīng)欽。面對李宗仁的邀請，何應(yīng)欽婉言拒絕，隨后攜妻女于杭州“避壽”。本以為躲開了李宗仁的何應(yīng)欽，此時卻忽然收到蔣介石的親筆信，在信中蔣介石勸他應(yīng)該聽從李宗仁的勸說，出任行政院長一職。在得到蔣介石的認(rèn)可之后，第二天何應(yīng)欽就宣布正式就任行政院長。擔(dān)任行政院長的何應(yīng)欽，面對風(fēng)雨飄搖的時代格局，同樣無能為力。在1949年的大撤退中，何應(yīng)欽于1949年底追隨從蔣介石，一起逃亡臺灣。

到了臺灣以后，原來蔣介石的一干鐵桿部下們，除了陳誠一枝獨秀，包括何應(yīng)欽在內(nèi)的一大批高官，都被安置在國民黨“總統(tǒng)府戰(zhàn)略顧問委員會”這個冷衙門。此時的何應(yīng)欽，名義上是蔣介石的最高軍事咨詢顧問，實際上卻成了蔣介石顧得上就問，顧不上就不問的閑人。無論是天賜長壽，還是自求多福，生命都是有限的。1975年蔣介石在88歲的高齡上去世。這一年，何應(yīng)欽85歲，送走蔣介石之后，他又經(jīng)過了一段孤獨的歲月，1987年十月21日，終因心肺衰竭，結(jié)束了他97歲的漫長一生。從1949年敗退臺灣開始，終其一生，何應(yīng)欽再也沒能踏上大陸的土地，沒能回到自己魂牽夢縈的故鄉(xiāng)。