漢元年(公元前206年)八月，劉邦率軍悄悄離開(kāi)南鄭，采納了張良、韓信所獻(xiàn)的“明修棧道，暗渡陳倉(cāng)”之計(jì)，揮師東進(jìn)，留下蕭何負(fù)責(zé)征收巴蜀之稅，供給軍糧。漢軍將士人蜀后，思念家鄉(xiāng)，東歸之心甚切，一旦東歸，個(gè)個(gè)如猛虎下山，奮勇?tīng)?zhēng)先，直殺得雍王章邯的兵馬丟盔卸甲，落荒而逃。漢軍一路勢(shì)如破竹，不到一個(gè)月便占據(jù)了三秦之地。劉邦令蕭何坐鎮(zhèn)關(guān)中，安撫百姓，同時(shí)負(fù)責(zé)兵員和糧餉的籌措與補(bǔ)給，自己則率大隊(duì)人馬浩浩蕩蕩地向彭城進(jìn)發(fā)。

由于幾經(jīng)戰(zhàn)事，這時(shí)的關(guān)中已是滿(mǎn)目瘡痍，殘破不堪，秦都咸陽(yáng)被項(xiàng)羽放火燒了3個(gè)月，已成一。片瓦礫。蕭何留守關(guān)中后，馬上安撫百姓，恢復(fù)生產(chǎn)，全力收拾關(guān)中的殘破局面。他一方面重新建立已經(jīng)散亂的統(tǒng)治秩序，另一方面對(duì)百姓施以恩惠，以定民心。他不僅頒布實(shí)施新法，重新建立漢的統(tǒng)治秩序和統(tǒng)治機(jī)構(gòu)，修建宮廷、縣城等等。

另外又開(kāi)放了原來(lái)秦朝的皇家苑囿園地，讓百姓耕種，賜給百姓爵位，減免租稅等等。他還讓百姓自行推舉年齡在50歲以上、有德行、能做表率的人，任命他們?yōu)椤叭稀?，每鄉(xiāng)一人;再選各鄉(xiāng)里的三老為縣三老，輔佐縣令，教化民眾，同時(shí)免去他們的徭役，并在每年的年末賜給他們酒肉。這樣，由于蕭何辦事精明，施政有方，頒布利民法令，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)迅速得到恢復(fù)，建立了穩(wěn)固的后方，保障了前線(xiàn)的需要。

漢二年，劉邦乘項(xiàng)羽大軍東征之機(jī)，乘虛而入，攻占了項(xiàng)羽的老巢彭城(今江蘇徐州)。漢軍進(jìn)駐彭城后，被勝利沖昏了頭腦，麻痹大意，放松的警惕，不久便被項(xiàng)羽率3萬(wàn)精兵繞道殺回，將劉邦團(tuán)團(tuán)圍困于彭城靈壁(今安徽濉溪市南)。幸虧陳平獻(xiàn)“金蟬脫殼”之計(jì)，才得以帶著數(shù)十騎殘兵敗將逃回滎陽(yáng)。

這時(shí)，關(guān)中的壯丁多數(shù)已被征發(fā)，蕭何便調(diào)撥老弱及不到服役年齡的少年到滎陽(yáng)增援，韓信也收兵與劉邦會(huì)師，劉邦這才得以重振旗鼓，與項(xiàng)羽大軍相持于滎陽(yáng)、成皋一帶。當(dāng)時(shí)，蕭何坐鎮(zhèn)關(guān)中，征發(fā)兵卒，運(yùn)送糧草，供應(yīng)漢軍;侍奉太子，制定法令規(guī)章，建立宗廟秩序。有關(guān)事項(xiàng)每次報(bào)呈劉邦，劉邦總是同意，允許照辦。即使來(lái)不及報(bào)告，蕭何也可以根據(jù)具體情況先行執(zhí)行，等漢王回來(lái)再作報(bào)告。

劉邦幾次戰(zhàn)役，棄軍逃跑，當(dāng)時(shí)蕭何若稍有二心，便可置劉邦于死地?？墒捄蚊看味颊靼l(fā)關(guān)中兵，補(bǔ)足漢軍缺額，劉邦也因此得以重新振作，多次轉(zhuǎn)危為安。公元前203年，項(xiàng)羽也由于連年戰(zhàn)爭(zhēng)，陷入了兵盡糧絕的困境。而劉邦的部隊(duì)，卻由于蕭何坐鎮(zhèn)關(guān)中，不斷地向前方輸送糧食和兵力，形成了兵強(qiáng)糧多的好形勢(shì)。后來(lái)，劉邦越戰(zhàn)越強(qiáng)，終于逼得項(xiàng)羽兵敗垓下，自刎烏江。