酒色的過(guò)度，使神宗的身體極為虛弱。萬(wàn)歷十四年(1586年)，24歲的神宗傳諭內(nèi)閣，說(shuō)自己“一時(shí)頭昏眼黑，力乏不興”。禮部主事盧洪春為此特地上疏，指出“肝虛則頭暈?zāi)垦?，腎虛則腰痛精泄”。萬(wàn)歷十八年(1590年)正月初一，神宗自稱(chēng)“腰痛腳軟，行立不便”。萬(wàn)歷三十年(1602年)，神宗曾因?yàn)椴∏榧觿?，召首輔沈一貫入閣囑托后事。從這些現(xiàn)象看來(lái)，神宗的身體狀況實(shí)是每況愈下。因此，神宗親政期間，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是通過(guò)諭旨的形式向下面?zhèn)鬟f。萬(wàn)歷三大征中邊疆大事的處理，都是通過(guò)諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對(duì)”形式。在三大征結(jié)束之后，神宗對(duì)于大臣們的奏章的批復(fù)，似乎更不感興趣了。所以，神宗荒怠的情形，還真有前后兩個(gè)階段：前一階段是不愿意上朝聽(tīng)政;后一階段是連大臣們的奏章也不批復(fù)，直接“留中”不發(fā)。

但是，按照明朝的制度，皇帝是政府的惟一決策者。一旦皇帝不愿處置但又不輕易授權(quán)于太監(jiān)或大臣，整個(gè)文官政府的運(yùn)轉(zhuǎn)就可能陷于停頓。到十七世紀(jì)初期，由于神宗不理朝政，官員空缺的現(xiàn)象非常嚴(yán)重。萬(wàn)歷三十年(1602年)，南、北兩京共缺尚書(shū)3名、侍郎10名;各地缺巡撫3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的編制，南、北二京六部應(yīng)當(dāng)有尚書(shū)12名，侍郎24名，這時(shí)總共缺了近三分之一。到萬(wàn)歷四十一年(1613年)十一月，南北兩京缺尚書(shū)、侍郎14名。

地方的行政管理，有時(shí)必須由一個(gè)縣的知縣兼任鄰縣的知縣。由這樣的情形，可以想見(jiàn)萬(wàn)歷后期政府運(yùn)作的效率。御史袁可立趁雷震景德門(mén)之際上了一道奏疏，直接指責(zé)神宗：“若郊視不親，朝講久廢，章奏之批答不時(shí)，宮府之賞罰互異，敘遷有轉(zhuǎn)石之艱，征斂有竭澤之怨。是非倒置，賢奸混淆。使忠者含冤，直者抱憤，豈應(yīng)天之實(shí)乎？ ”

隨后被震怒的神宗罷官為民。時(shí)神宗委頓于上，百官黨爭(zhēng)于下，這就是萬(wàn)歷朝后期的官場(chǎng)大勢(shì)。官僚隊(duì)伍中黨派林立，門(mén)戶(hù)之爭(zhēng)日盛一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。正如梁?jiǎn)⒊f(shuō)，明末的黨爭(zhēng)，就好像兩群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。這樣的惡果，未嘗不是由神宗的荒怠造成的。