滅百濟(jì)后，唐朝大軍振旅而還，留下郎將劉仁愿率數(shù)千唐兵留守百濟(jì)城，并派左衛(wèi)郎將王文度為熊津都督。赴任半途，王文度病死，詔以劉仁軌代之。

百濟(jì)王扶余義慈的堂弟扶余福信本來已經(jīng)降服唐軍，待他看到唐軍主力回國(guó)，萌生賊心，并與一個(gè)叫道琛的和尚聯(lián)手，在周留城聚百濟(jì)舊民造反。不久百濟(jì)“西部皆應(yīng)”，紛紛據(jù)城造反，支持扶余豐。眾軍相聚，反而把唐軍劉仁愿的留守軍團(tuán)團(tuán)包圍于百濟(jì)城。

唐廷下詔，任劉仁軌檢校帶方刺史，統(tǒng)王文度舊部與新羅軍合勢(shì)救援劉仁愿。唐、新聯(lián)軍一路廝殺戰(zhàn)斗，直殺百濟(jì)城。和尚道琛在熊津江邊建兩座巨大的兵壘，劉仁軌率眾猛攻，百濟(jì)軍不敵，退保任孝城。

公元661年(高宗龍朔元年)，唐將蘇定方又攻打高句麗，遇大雪酷寒，唐軍不得不班師。但是劉仁軌上表，表示要繼續(xù)堅(jiān)守在百濟(jì)，高宗深覺劉仁軌言之有理，便讓唐軍繼續(xù)留在百濟(jì)城堅(jiān)守。

劉仁軌先出奇兵，首發(fā)制人，率軍先端掉扶余福信派人修建的真峴城(今韓國(guó)鎮(zhèn)岑縣)，雖然此城“臨江高陸”，唐軍連夜奇襲，一舉攻破，“遂通新羅運(yùn)糧之路”。而百濟(jì)內(nèi)部發(fā)生火并。百濟(jì)王子扶余豐越來越不能忍受堂叔扶余福信的跋扈，扶余福信被殺。于是，劉仁師、劉仁愿以及新羅王金法敏率陸軍，劉仁軌以及先前降附的百濟(jì)王子扶余隆率水軍，從熊津江出發(fā)，水陸并進(jìn)，直趨白江口，準(zhǔn)備合軍直搗固周堅(jiān)城。

公元663年(高宗龍朔三年)八月，劉仁軌水軍率先行至白江口。很快，倭國(guó)水軍四百余艘也綿延駛至。寬闊水面上，唐、倭兩路水軍對(duì)峙。

劉仁愿回長(zhǎng)安后，高宗向他詢問情況，這位大將不專功，說明戰(zhàn)役主要指揮者以及表章主擬人均是劉仁軌。高宗“深嘆賞之，因超加(劉)仁軌六階，正授帶方州刺史，并賜京城宅一區(qū)?！眲⑷受壗z毫不敢懈怠。他安撫百濟(jì)余眾，屯田厲兵，積糧撫士，準(zhǔn)備下一步進(jìn)滅高麗的戰(zhàn)爭(zhēng)。同時(shí)，他連上表奏，極言百濟(jì)之地不可輕棄，“伏惟陛下既得百濟(jì)，欲取高麗，須外內(nèi)同心，上下齊備，舉無遺策，始可成功……”高宗深納其言。

百濟(jì)亡國(guó)，下一個(gè)肯定輪到高麗，公元668年(高宗總章元年)，唐朝大將李勣為師，在泉男生帶路指引下，一舉踏平高麗，終于完成了隋煬帝、唐太宗未竟之業(yè)，收一百七十六城、六十九萬(wàn)戶。唐朝置安東都護(hù)府，留大將薛仁貴等二萬(wàn)多唐兵于平壤，高麗終成唐朝治地。由于高麗王高藏一直是個(gè)傀儡，唐廷赦而不誅，還把他封為司平太常伯，只把負(fù)隅頑抗的泉男建流放黔州蠻荒之地。