公元307年九月，司馬睿偕王導(dǎo)渡江至建鄴。晉室政治中心，自此逐漸南移江東。永嘉南渡后，王導(dǎo)始終劇機樞之地，王敦則總征討于上游，王氏家族近屬居內(nèi)外之任，布列顯要者人數(shù)甚多。以王導(dǎo)、王敦為代表所構(gòu)成的王氏家族勢力對司馬氏的江山構(gòu)成了嚴重的威脅，這使“王與馬共天下”的局面在江左維持了二十余年，直到庾氏家族興起，抑制王氏并凌駕于王氏之上，這種局面才沒有再次出現(xiàn)。

沒過幾年，晉愍帝無奈出降，西晉亡。公元317，司馬睿承制改元，即晉王位，但此時因勢力單薄，也并未真正稱帝，改元建武，東晉建立，史稱東晉。他廣辟掾?qū)僖詾檩o佐，有“百六掾”之稱。司馬睿即位后，因為在皇族中聲望不夠，勢力單薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不穩(wěn)。但是，他重用了王導(dǎo)。王導(dǎo)運用策略，使南方士族支持司馬睿，使北方南遷的士族也決意擁護司馬睿，穩(wěn)定了東晉政權(quán)，維持了偏安局面。司馬睿十分感激王導(dǎo)，任他為宰相，執(zhí)掌朝政。時人謂之“王與馬，共天下”。

“成也蕭何敗蕭何”，王導(dǎo)是能臣，輔佐司馬睿走上了帝王之路，但是到了最后王敦和王導(dǎo)的家族勢力，一度躍至與司馬家族相抗衡的狀態(tài)，大權(quán)旁落引起司馬睿極大的不滿，為了讓晉朝的江山不至于毀壞到自己的手里，司馬睿在臨死前設(shè)下了一計，導(dǎo)致王導(dǎo)和王敦反目。

公元322年，一向?qū)Τ皳碛幸靶牡耐醵匾砸哉D劉隗為名，在武昌起兵，這一戰(zhàn)直接殺到了建康，威脅到了統(tǒng)治中心，王敦的行為無疑是為司馬睿敲醒了一個警鐘，司馬睿十分憂懼。而王導(dǎo)為保全王氏家族利益，也暗助王敦。

一時間，風(fēng)云變幻，面對王氏家族的勢力，皇帝說話也要軟下三分，司馬?！懊撊忠?，著朝服”對王敦進行安撫，說盡好話，而在王敦眼里自己“封武昌郡公，邑萬戶”，打心眼看不起司馬睿，其后，王敦還想以不孝而廢掉勇武的太子司馬紹，后因百官皆不從而作罷。四月，王敦還師武昌，遙控朝政。此后，王敦更加猖狂，以至于司馬睿和他的朝廷成了擺設(shè)。

王敦掌控東晉大權(quán)嗎，面對司馬睿如同傀儡般的皇帝，他根本不放在眼里。在權(quán)臣和皇帝之間，王敦始終舉棋不定。王氏兄弟是什么時候反目的我們不得而知，推測應(yīng)該是從元帝司馬睿臨死前，任命王導(dǎo)為輔政大臣時起。

這個遺詔非常奇怪，因為太子司馬紹已經(jīng)24歲了，又不是五六歲的小孩需要輔政。而且如果真要輔政，王敦是二把手，憑什么被晾到一邊。這是司馬睿精心設(shè)置的反間計，也是他死前的最后一擊，就是離間王導(dǎo)和王敦的關(guān)系。

這一招果然奏效，王敦氣在心頭，對王導(dǎo)開始疑神疑鬼。不久把王導(dǎo)升為司徒，剝奪了他揚州刺史的職務(wù)，而由自己兼任揚州牧。兩兄弟看似合實則分。其后，兩人的關(guān)系也進一步惡化，司馬睿難得聰明，死前的一個遺詔，居然成功離間了王敦和王導(dǎo)，使得司馬氏江山得以延續(xù)。