朱棣即位后，姚廣孝理所當(dāng)然地受到了寵信，馬上被授予僧錄司左善世。永樂二年(1404年)四月，拜資善大夫太子少師，并恢復(fù)了他的姓，賜名為廣孝。太子少師是當(dāng)時(shí)文臣的最高秩(正二品)，是一個(gè)實(shí)職，由此可見朱棣對(duì)他是極為重用的。明成祖和姚廣孝談話，從來不叫他的名字，而稱他為少師，可見成祖對(duì)他是極為尊重的。為了報(bào)答姚廣孝的功勞，成祖讓姚廣孝蓄發(fā)，姚廣孝不肯;成祖又賜給他府第和兩名宮女，姚廣孝也不肯接受，仍然住在寺院。在朝堂上，他的衣著和身份，不僅在當(dāng)時(shí)獨(dú)一無二，而且在歷史上也是少有的。

永樂二年六月，姚廣孝以欽差身份前往蘇湖賑濟(jì)，這是一種特殊的榮譽(yù)。離別故鄉(xiāng)二十余年后，他終于衣錦還鄉(xiāng)了。但是，回到故鄉(xiāng)時(shí)，他的父母均已去世。父母沒有看到他的功成名就，這不免使他感到有些悵然。姚廣孝帶著復(fù)雜的感情，將父母的靈位放進(jìn)了少時(shí)出家的妙智庵。姚廣孝回京后，養(yǎng)了一只雄雞。每天聽到雞叫，他就起床，可謂“烈士暮年，壯心不已”。就這樣，他度過了他一生中最后的十幾個(gè)年頭。

姚廣孝晚年最有成效的工作是先后主持了《永樂大典》和《明太祖實(shí)錄》兩部大書的編修。原來主持編修《永樂大典》的是解縉，解縉并沒有理解皇帝編修這部巨書的宗旨。永樂二年二月，這部巨書完成后，定名為《文獻(xiàn)大成》，上呈皇帝審閱。成祖對(duì)這部書不太滿意，命姚廣孝等人重修。永樂五年，這部包羅經(jīng)、史、子、集、百家、天文、地志、陰陽、醫(yī)、卜、僧、道等內(nèi)容的二萬多卷的巨書，在姚廣孝主持下順利完成，并更名為《永樂大典》?！队罉反蟮洹肥钦滟F的古代文獻(xiàn)，是世界上最早和最大的一部百科全書。前后有兩三千人參加了這一浩大的工程，總共用了六年時(shí)間，共有22937卷，11095冊(cè)，字?jǐn)?shù)達(dá)三億七千萬。然而，這部珍貴的文獻(xiàn)巨著后來大部遺失，現(xiàn)存的僅有714卷。

姚廣孝在學(xué)術(shù)思想上頗有膽識(shí)。史稱他：“晚著道余錄，頗毀先儒?！币蚨艿饺逭叩谋梢?。他回家鄉(xiāng)長洲看望同母姊妹時(shí)，不但不納，反而將他大罵一通。去訪問老友王賓時(shí)，王賓不見，只遠(yuǎn)遠(yuǎn)地對(duì)他說：“和尚誤矣，和尚誤矣?！痹谌寮宜枷虢y(tǒng)治和禁錮著人們頭腦的明代，像姚廣孝這樣敢于詆毀批判儒家的人是不多見的。

永樂九年，七十七歲的姚廣孝再次受任監(jiān)修官，主持《明太祖實(shí)錄》的重新編修，直至他去世，大約六年多時(shí)間，他兢兢業(yè)業(yè)地完成了此項(xiàng)工作。他不是掛名的監(jiān)修官，而是名副其實(shí)的組織者。這次修成的《明太祖實(shí)錄》就是今天我們所見的三修本，這是一次真正的重修，所用的時(shí)間和全書的內(nèi)容都大大超過了前兩次的修纂。但是，當(dāng)永樂十六年(1418年)五月成書，朱棣設(shè)宴賞賜有關(guān)人員時(shí)，為此耗盡余生的姚廣孝卻已經(jīng)在兩月以前與世長辭了。

姚廣孝一生不脫袈裟，自有他的奧妙所在。他從十四歲起穿上袈裟，但一生積極從事政治活動(dòng)和軍事活動(dòng)，交接王侯，策劃密室，運(yùn)籌帷幄，決勝千里，建立了不朽的業(yè)績。他是一位穿著袈裟的政治家、謀略家和軍事家。在朱棣奪取政權(quán)以前，姚廣孝是和尚;在朱棣奪取政權(quán)以后，他仍然堅(jiān)定不移地當(dāng)和尚，因?yàn)檫@身袈裟為他的政治活動(dòng)和得以善終做了最有效的保護(hù)。朱棣在當(dāng)了皇帝以后，姚廣孝作為功高蓋世的元?jiǎng)?，處在十分微妙的位置上。姚廣孝具有清醒的政治頭腦，他深知“狡兔死，良狗烹”和功高震主的惡果，他不能不有所防備，這就是他不愿意脫去袈裟的真正原因。他繼續(xù)當(dāng)和尚，實(shí)質(zhì)上向朱棣表了一個(gè)態(tài)度，表明自己對(duì)權(quán)勢是淡薄的，在政治上是沒有野心的。朱棣因而對(duì)姚廣孝放心了，反而使姚廣孝的權(quán)勢和地位更加牢固，得以安度晚年，善始善終。這不能不讓后人佩服他超人的智謀。

姚廣孝的高明之處還在于，他在成為達(dá)官貴人之后，并沒有像別人一樣大肆斂財(cái)。相反地，他保持了一個(gè)和尚的本色，視金錢如糞土，永遠(yuǎn)不蓄錢財(cái)。他曾因公干到家鄉(xiāng)長洲，把朝廷所賜的金帛和財(cái)物都分給了宗族鄉(xiāng)人，自己不留積蓄，這與歷來巧取豪奪、搜刮民財(cái)?shù)姆饨ü倭畔啾日媸翘烊乐畡e。

姚廣孝八十四歲時(shí)病重，不能朝見，仍居于慶壽寺。成祖多次親往看視，賜予金唾壺，并問他有什么請(qǐng)求。姚廣孝沒有請(qǐng)求別的，卻請(qǐng)求成祖赦免久在獄中的溥洽。溥洽是建文帝的主錄僧，成祖進(jìn)入南京城時(shí)，建文帝不知所終。有人說溥洽知道建文帝的下落，甚至有人說他藏匿了建文帝。成祖雖然始終找不到建文帝的影子，但還是把溥洽囚禁了十余年。成祖聽了姚廣孝這唯一的請(qǐng)求后，立即下令釋放了溥洽。這不僅因?yàn)橐V孝與溥洽同是出家人的緣故，而是希望通過這件事，給成祖在處理與建文帝及其諸臣的關(guān)系上作一個(gè)暗示，不讓成祖濫殺無辜。姚廣孝至死都沒有脫離政治家的本色，實(shí)在令人欽佩。永樂十六年(1418年)三月二十八日，姚廣孝死于寺中。他希望能夠按照出家人的方式來安葬自己，朱棣同意了，并停止視朝二日以示哀悼。他被依照僧制安葬于京西盧溝河畔。三十日，鎮(zhèn)遠(yuǎn)侯顧興祖奉旨祭靈，并宣讀了明成祖朱棣親自撰寫的祭文。