公元589年，隋滅陳之后，隋文帝楊堅(jiān)采取平建康城邑宮室為耕田的政策，下令毀去建康都城、東府城、丹陽(yáng)郡城，城闕、宮殿、官署、軍營(yíng)等均被拆除。盛極一時(shí)的建康官府建筑，幾乎蕩然無(wú)存。在行政設(shè)置上，廢丹陽(yáng)郡及丹陽(yáng)、湖熟、江乘、臨沂四縣，將建康、秣陵、同夏三縣并入江寧縣。置蔣州，在石頭城內(nèi)設(shè)蔣州治所和"揚(yáng)州總管府"。隋煬帝大業(yè)初，改蔣州為丹陽(yáng)郡，統(tǒng)江寧、溧水、當(dāng)涂三縣。

隋煬帝多次南下巡游揚(yáng)州，大業(yè)十二年，隋煬帝第三次駕幸江都。他畏于北方農(nóng)民起義的發(fā)展，不敢北還。隋王朝所控制的地區(qū)，在北方只有東都洛陽(yáng)及其他幾座孤城，在東南只有江都一隅之地。楊家天下出現(xiàn)土崩瓦解之勢(shì)。次年，太原留守李淵起兵占據(jù)了都城長(zhǎng)安，立隋煬帝的孫子楊侑為帝，遙尊隋煬帝為太上皇。江都更是人心惶惶。

隋煬帝晚年，既沒(méi)有像陳后主那樣做個(gè)長(zhǎng)城公，也沒(méi)有把帶在身邊的毒藥派上用場(chǎng)。大業(yè)十四年(618年)三月，煬帝見(jiàn)天下大亂，已心灰意冷，無(wú)心回北方，但仍想遷都丹陽(yáng)(今江蘇南京)，保住江南的半壁江山。隋煬帝派人過(guò)江去修治金陵的丹陽(yáng)宮(今南京)，準(zhǔn)備一待宮殿建好就遷過(guò)去。從駕的都是關(guān)中衛(wèi)士，本來(lái)就思念家鄉(xiāng)，又聽(tīng)說(shuō)那邊戰(zhàn)亂頻繁，不知家人存亡，心中十分焦急?，F(xiàn)在聽(tīng)說(shuō)隋煬帝要遷都丹陽(yáng)，更加不滿。郎將竇賢竟率所部私自潛逃。隋煬帝急忙派人追殺竇賢。但是士卒仍然悄悄逃走，隋煬帝深以為患。虎賁郎將司馬德戡平素很為隋煬帝寵愛(ài)，這時(shí)也與虎賁郎將元禮、直閣裴虔通等密謀西歸。三人又碾轉(zhuǎn)招引，內(nèi)史舍人元敏、虎牙郎將趙行樞、勛侍楊士覽等人都與之同謀。這些人日夜聚會(huì)，公開(kāi)議論叛逃，竟無(wú)所畏避。有一個(gè)宮女聽(tīng)到消息后對(duì)蕭后說(shuō)："外間人人欲反。"蕭后說(shuō)："你可以直接報(bào)告皇帝。"這個(gè)宮女就去報(bào)告隋煬帝。隋煬帝聞言大怒："你一個(gè)宮女，知道什么國(guó)事，到我這胡說(shuō)八道！"竟下令將這個(gè)宮女處死。以后又有宮女報(bào)告蕭后，蕭后說(shuō)："事情到了這個(gè)地步，已經(jīng)無(wú)可救藥了。你們也不用再說(shuō)了，說(shuō)了只會(huì)令皇帝煩惱。"自此以后，無(wú)人敢言。

宇文化及發(fā)動(dòng)兵變，逼縊隋煬帝。這個(gè)雄心勃勃的帝王，死后連個(gè)像樣的棺材也沒(méi)有用上，由蕭后和宮人拆床板做了一個(gè)小棺材，偷偷地葬在江都宮的流珠堂下。后陳棱集眾縞素，為煬帝發(fā)喪，備儀衛(wèi)，改葬于吳公臺(tái)下，衰杖送喪，慟感行路。