國共內(nèi)戰(zhàn)時(shí)期，陳先生任教于北平清華大學(xué)，并兼中央研究院歷史語言研究所第一組(歷史)主任。1948 年12 月北平被圍，15 日與北大校長胡適之等乘專機(jī)南下。次年1月16 日搭輪船離上海，19 日抵廣州任嶺南大學(xué)教授。雖其至親俞大維(妹夫也是親表弟，時(shí)掌國民政府交通部)、摯友傅斯年(也是親表妹夫，臺灣大學(xué)校長)，一再敦促就途，而中央研究院歷史語言研究所的圖書文物與大部人員也均已遷臺，陳先生卻留居廣州未來臺灣以迄辭世。

當(dāng)年陳寅恪先生離開北平但不往臺灣而南下廣州的原因大致有三：

一、陳先生對國民黨政府并無好感，也不滿抗戰(zhàn)時(shí)期國民黨欲控制學(xué)界的做法。這在陳先生的的詩和他友人的書信、日記里都寫得清楚。而陳先生對共產(chǎn)黨可能亦有戒心，故隨胡適之同機(jī)離平。他在1948 年《寄下孝萱》時(shí)中有“淮海兵塵白日陰，避居何地陸將沉”句。1949 年元月自上海乘船至廣州后之感賦詩有“避地難希五月花”句，而該年陰歷新正的《己丑元旦作時(shí)居廣州康樂九家村》詩也有“避秦心苦誰同喻，走越裝輕任更貧”之句，在在表示是希望找一“避秦”之地，免受戰(zhàn)亂之苦。

二、1948 年年底，除東北和華北外，大部分地區(qū)仍在國民黨政府控制之下。當(dāng)時(shí)一般人認(rèn)為很可能最后是“劃江而治”，以長江天塹為界，國民黨在南，共產(chǎn)黨在北，廣州遠(yuǎn)在南方可為避秦之地。而臺灣，因“二二八”事件時(shí)，不少外省人遭禍，曾導(dǎo)致甚多人對臺灣印象不佳，不愿赴臺工作。臺灣大學(xué)則自光復(fù)建校以來，問題極多，積弊太深，莊長恭校長自1948 年6 月就任半年“一事無成而已心力交瘁”，于12 月7 日請病假返滬，可能最初傅校長亦無把握能將臺大辦好，故未力邀陳先生來臺。

三、當(dāng)國共內(nèi)戰(zhàn)之時(shí)，經(jīng)濟(jì)混亂，物質(zhì)缺乏，貨幣貶值，教育經(jīng)費(fèi)短缺，教授生活清苦。例如，據(jù)《陳寅恪先生編年事輯》記載：1947 年“是歲寒甚。清華各院住宅本裝有水汀，經(jīng)費(fèi)短絀，無力供暖氣，需住戶自理。先生生活窘苦，不能生爐火。斥去所藏巴利文藏經(jīng)及東方語文各書，如《蒙古文蒙古圖志》、《突厥文字典》等等，賣與北京大學(xué)東方語文系，用以購煤。聞僅裝火爐而已。”可見生活之困難。嶺南大學(xué)為教會學(xué)校，陳序經(jīng)校長又向華僑募得美金港幣若干，故經(jīng)費(fèi)較國立大學(xué)充裕，能付給陳先生頗優(yōu)之待遇。而且陳先生及夫人都有心臟病，醫(yī)生說宜住南方暖和之地，因此去了嶺南大學(xué)。

陳先生為什么不愿離開廣州呢？陳先生到了嶺南之后，時(shí)局急轉(zhuǎn)直下。蔣介石下野，共產(chǎn)黨軍隊(duì)盡占江北之地。清明日陳先生有詩云：“樓臺七寶倏成灰，長江天塹安在哉？”果如他所料，和談破裂，江陰要塞司令棄守，共產(chǎn)黨軍隊(duì)4 月23 日渡江，5 月28 日進(jìn)駐上海，8 月已逼福建。同時(shí)，美國又頒布《白皮書》宣稱放棄國民黨。