公元前2世紀(jì)、張騫出使西域，西漢王朝始設(shè)西域都護(hù)管轄。塔什庫(kù)爾干地區(qū)屬于交通要道，“絲綢之路”的咽喉。塔吉克族先民在東西方文化交流中受到熏陶，并發(fā)展自己。公元2-3世紀(jì)，在塔什庫(kù)爾干一帶出現(xiàn)了朅盤陀國(guó)，朅盤陀人是中國(guó)塔吉克族的遠(yuǎn)祖。3-4世紀(jì)，他們已發(fā)展了灌溉農(nóng)業(yè)，過(guò)半農(nóng)半牧生活。朅盤陀國(guó)有12座城堡和10多所寺院。以小乘佛教為國(guó)教。唐朝時(shí)，屬安西都護(hù)府管轄。開(kāi)元(713-741)中，在此設(shè)“蔥嶺守捉”戌所。公元8世紀(jì)，朅盤陀國(guó)消亡。公元9-16世紀(jì)，塔什庫(kù)爾干地區(qū)先后受吐蕃、喀拉汗王朝、西遼、蒙古元朝和察合臺(tái)汗國(guó)的管轄。特別是從10世紀(jì)開(kāi)始傳入喀拉汗王朝境內(nèi)的伊斯蘭教，對(duì)塔吉克人的影響強(qiáng)烈，以致后來(lái)成為全民族信仰的宗教。明朝后期，在色勒庫(kù)爾的中心地帶已有一批塔吉克族小村落。從17世紀(jì)后期到19世紀(jì)，帕米爾西部和南部的什克南、瓦罕等地的許多塔吉克人遷入色勒為爾，逐漸成為中國(guó)的塔吉克族。17世紀(jì)中葉，清朝統(tǒng)一全國(guó)，對(duì)塔什庫(kù)爾干，沿用元朝的名稱“色勒庫(kù)爾”，建置色勒庫(kù)爾回莊，歸喀什噶爾參贊大臣管轄。

清代的建置，大大加強(qiáng)了塔吉克族地區(qū)同南疆維吾爾族地區(qū)經(jīng)濟(jì)與文化的密切聯(lián)系。

塔吉克族的祖先大概曾經(jīng)歷過(guò)以女性為中心的母權(quán)制時(shí)代。《大唐西域記·朅盤陀國(guó)》在記述其建國(guó)傳說(shuō)中稱，其始祖母與太陽(yáng)神相會(huì)而孕，生下其王。從塔吉克始祖的傳說(shuō)來(lái)看，其先民曾實(shí)行過(guò)母權(quán)制。即漢公主為王期間，是以女性為王并以女世襲的。

自漢公主去世之后，其子襲位。自此朅盤陀國(guó)實(shí)行的是以男性為中心的父權(quán)世襲制，這是塔吉克族先民早期社會(huì)的一次重大的變革。由于傳統(tǒng)勢(shì)力的影響，實(shí)行這一變革無(wú)疑是十分困難的，僅靠個(gè)人的力量是不可能的，還必須借助神的力量。

而當(dāng)時(shí)他們所崇奉的最高神可能是太陽(yáng)神，為了取得本國(guó)人們的支持和擁護(hù)，為了使本國(guó)人們承認(rèn)自己的王位和鞏固以男子為中心的父權(quán)制。朅盤陀王便宣稱自己是太陽(yáng)神的兒子，與一般的凡人不同。其后裔也編造種種神話，說(shuō)他出生神異，有許多凡人所沒(méi)有的特殊本領(lǐng)。自朅盤陀王襲位后，一直是實(shí)行王族男性世襲制。

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明代和清初，由于許多柯?tīng)柨俗巫逶谒俗宓貐^(qū)色勒庫(kù)爾草原上放牧，因而把色勒庫(kù)爾的塔吉克族作為西布魯特(清代對(duì)柯?tīng)柨俗巫宓姆Q呼)19部之一。乾隆年間，清政府平定準(zhǔn)噶爾和南疆大、小和卓叛亂之后，在新疆實(shí)行軍府制度，設(shè)將軍府(駐伊犁)統(tǒng)轄新疆，由參贊大臣負(fù)責(zé)新疆南部的軍事和行政。在各城設(shè)辦事大臣或領(lǐng)隊(duì)大臣。

此后，把塔吉克人聚居的色勒庫(kù)爾作為一個(gè)回莊--色勒庫(kù)爾回莊。回莊以北仍為柯?tīng)柨俗紊諑?kù)爾部落的游牧地。色勒庫(kù)爾回莊受葉爾羌辦事大臣管轄，并實(shí)行伯克制。由于色勒庫(kù)爾是邊防重地，所以設(shè)立的伯克品級(jí)較高，為五品阿奇木伯克。阿奇木伯克是地方首席長(zhǎng)官，管理地方民政;另設(shè)六品的伊什罕伯克和商伯克各一名，七品的阿爾巴布伯克等五名，輔助阿奇木伯克，分管稅收、司法等事宜(《新疆識(shí)略》卷三)。

頭幾任伯克都是色以提沙利的后代，由清政府任命。十九世紀(jì)初以后，由葉爾羌辦事大臣另行委派本民族其他上層人士擔(dān)任這一職務(wù)。

1884年新疆建省以后，各地都廢除了伯克制度，一些地位較高的伯克改充“頭目”，大多數(shù)伯克改任鄉(xiāng)約和各級(jí)衙門的官吏等職務(wù)。由于色勒庫(kù)爾屬邊遠(yuǎn)地區(qū)，為保障邊疆穩(wěn)定，清政府繼續(xù)在其地實(shí)行伯克制度，仍舊留用正副阿奇木伯克二人。

盛世才統(tǒng)治時(shí)期取消了上述所有各級(jí)伯克，設(shè)立區(qū)、鄉(xiāng)、村三級(jí)行政機(jī)構(gòu)。

1949年以后建立塔吉克族自治縣，實(shí)現(xiàn)民族區(qū)域自治。