歷史上，塔吉克人曾信奉過祆教、佛教等多種宗教。這兩種宗教文化至今在塔吉克族中還有積淀。約公元10世紀(jì)左右，塔吉克人開始信仰伊斯蘭教。公元16世紀(jì)末至17世紀(jì)初，開始尊奉伊斯蘭教什葉派的一個支派――伊斯瑪依勒派。相傳在明末清初有一位名賽義德蘇熱的依禪從伊朗到帕米爾高原，大力傳布伊斯瑪依勒派。他來時帶有70名兵丁，殺了塔什庫爾干原來的統(tǒng)治者江罕格爾和艾蘭木格爾，自立為“賽義德沙利汗”，并在塔吉克族中推行新的教派。

同其他信仰伊斯蘭教的民族比較起來，塔吉克族的宗教活動較少，清真寺很少，根據(jù)伊斯瑪依勒教義，不封齋，不去麥加朝圣。部分老人每天在家做二次禮拜以外，一般群眾僅在節(jié)日進行禮拜。宗教首領(lǐng)不稱“伊瑪目”，而稱“依禪”，其職位是世襲的。依禪各有自己的勢力范圍，所轄教徒數(shù)量不等。在所屬的各地區(qū)，由依禪委派當(dāng)?shù)仡I(lǐng)先信徒為“海力排”(代理人)，代替其發(fā)展信徒，收取宗教稅。牧民分屬不同的依禪，往往是世代信仰某一依禪及其繼承者。一個地區(qū)或鄉(xiāng)村往往分屬幾個依禪，因此也就同時有幾個“海力排”。此外，還有宗教職業(yè)者“卡孜”掌管宗教法律，“阿蘭姆”主持節(jié)日的宗教活動，他們并在一定的地區(qū)活動。

塔吉克族非常崇信伊斯瑪依勒派最高的伊瑪目“阿迦汗”?！鞍㈠群埂钡脑鉃椤吧闹髟住薄Ｆ駷橹?，阿迦汗共有4位?，F(xiàn)任的阿迦汗四世克里木侯賽因1957年成為伊斯瑪依勒派第49任伊瑪目。

解放前，阿迦汗被塔吉克族群眾視為真主的化身，尊為人世間的“活主”，對他絕對忠誠和馴服。教徒要定期向阿迦汗奉貢，稱為“賽爾卡爾”。每年把新生的第一胎幼畜和農(nóng)作物收獲的1/10獻給阿迦汗，由依禪經(jīng)收。解放后，這項宗教貢賦已經(jīng)停止。人民政府對于愛國的伊斯瑪依勒派人士，在政治上和生活上都作了必要的安排。他們中間的不少代表性人物擔(dān)任了所在地區(qū)的人民代表大會代表或政治協(xié)商會議委員，有的還擔(dān)任了自治區(qū)政協(xié)委員。